Công viên tự nhiên này nằm giữa biển Sulu, thuộc tỉnh Palawan, cách thành phố Puerto Princesa 150 km về phía đông nam, có tổng diện tích 97.030 hécta (239.800 mẫu Anh; 374,6 sq mi).[2] Rạn san hô Jessie Beazley nhỏ hơn nằm cách hai đảo san hô khoảng 20 km về phía bắc.

Về địa chất, rạn san hô Tubbataha nằm trên sườn núi Cagayan, bao gồm các núi lửa tuyệt chủng dưới biển. Đây là một cấu trúc đảo san hô thực sự, người ta tin rằng các đảo san hô Tubbataha đã được hình thành từ hàng ngàn năm trước dưới dạng các rạn san hô và đảo núi lửa. Điều này dựa trên lý thuyết của Charles Darwin rằng, đảo san hô được hình thành khi một ngọn núi lửa phun trào và sau đó một hòn đảo được sinh ra. Khi các núi lửa bị tuyệt chủng và các hòn đảo dần chìm xuống sau một thời gian dài, chỉ còn lại san hô phát triển hướng về phía ánh sáng mặt trời. Các san hô rất lớn nhìn thấy ngày nay nằm xung quanh đầm phá ban đầu.